Dövlət Dəniz və Liman Agentliyi Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin “Dəniz nəqliyyatı sahəsində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi ilə bağlı bəzi tədbirlər haqqında” 11 oktyabr 2021-ci il tarixli Fərmanına əsasən, Rəqəmsal İnkişaf və Nəqliyyat Nazirliyinin tabeliyində yaradılan publik hüquqi şəxsdir.
Agentlik Nəqliyyat, Rabitə və Yüksək Texnologiyalar Nazirliyi yanında Dövlət Dəniz Agentliyinin, habelə Dövlət Dəniz Agentliyinin tabeliyində olmuş Dəniz Üzgüçülüyünün Təhlükəsizliyi Mərkəzi, eləcə də Nəqliyyat və Texniki-Təminat İdarəsi publik hüquqi şəxslərin əsasında yaradılıb.